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由于亲水性较滤纸小，电渗作用小，电泳时大部分电流是由样品传导的，所以分离速度快，电泳时间短，一般电泳45~6分钟即可，加上染色、脱色，整个电泳完成仅需9分钟左右。灵敏度高，样品用量少，血清蛋白电泳仅需2l血清，故常用于检测在病理情况下微量异常蛋白质的改变。。某些蛋白质在纸上电泳不易分离，如胎儿甲种球蛋白、溶菌酶、胰岛素、组蛋白等用醋酸纤维素薄膜电泳能较好地分离。易保存，易定量。醋酸纤维素薄膜电泳染色后，经冰、乙醇混合液或其他溶液浸泡后可制成透明的干板，有利于扫描定量及长期保存。